Revisa que las dos horquillas del cardán estén alineadas y las dos en la misma posición.
Los cardanes están diseñados para transmitir el movimiento considerando este diseño.
Fíjate en esta imagen en como se orientan las puntas del cardán y revisa el tuyo en los dos tramos, cualquier diferencia de angulos provoca variaciones en las fuerzas y por tanto vibración y ruido que acaba destruyendo algo.
Además revisa los ángulos de salida de la caja, del soporte central y de entrada al diferencial, si hay diferencias modifica lo necesario. Si modificaste la altura del cahsis con repecto al eje entonces variaste alguno de esos ángulos.
Si quieres entender la parte técnica de esto lee este artículo, después revisa tu auto y si tienes que modificar algo explícale al mecánico que es lo que quieres porque generalmente nadie sabe de esto.
http://www.cardyfren.es/contenido.asp?p=35
Saludos