Hola Syrus .... dime una cosa, cuales eran los síntomas ... por qué quisieron ajustar el motor ??? ....
Con los datos que das, pienso que la falla puede estar en :

Los resortes de las válvulas del cilindro N° 3

Los camones de la leva asociados al cilindro N° 3

Taquíes asociados al cilindro N° 3

Alzaválvulas mal puestos o diferentes en cilindro N° 3
Se puede sacar la tapa de válvulas y chequear lo mencionado (recorrido, alzada, alineamiento alzaválvulas, etc, etc.)
Entiendo que no cambiaste de caja y se mantiene el volante ... es correcto ?
Es TBI verdad ? ... hay pocos de ese modelo, luego 1990 y superior salieron con inyección multipunto, es decir, inyector en cada cilindro .... porque esa podría ser tu falla si no fuese TBI ...
Hiciste cualquier otra modificación ??? ...... dame mas datos
saludos