Hola compadre, la verdad es que nunca he desarmado la caja de mi samuka

pero viendo el diseño en el manual de reparacion y tomando en cuenta que tu ya cambiaste la palanca de cambios nueva y suponiendo que esta no tiene juego al estar montada en la torre

lo mas probable es que tengas serios dramas de desgaste excesivo en unos aparentes bujes en que van montados las varillas de las horquillas y esto hace que al poner una marcha se baje la varilla y se monte la palanca por sobre esta, tambien asegurate que no le hubieses colocado una empaquetadura muy gruesa a la tapa donde va la palanca de cambios y la torre ya que esto haria que la punta de la palanca pierda un x espacio de penetracion en el calado la varilla.
Ojala que soluciones tu problema para que nos cuentes que fue lo que sucedio. :D