En el samurai de Nicolás Robles (Bulto) se puso un motor completo de vitara inyectado hace unos meses, utilizando los ramales y computador del 1.3, por lo que se pudo apreciar el múliple de escape y admisión son intercambiables y los inyectores se ven idénticos externamente (aunque sospecho que el del 1.6 debiese inyectar más combustible).
Has la prueba tal cual: pon el motor vitara con tus múltiples y ve cómo se comporta, en última instancia tendrías que conseguir el inyector del 1.6 y lo pones.
Con respecto a poner la caja del vitara, sería mucho menos

dejar la caja del samuka, es más fácil de modificar el anclaje hacia el motor que modificar la del vitara para conectarla a la transfer, ahí tendrías que dejar el volante de inercia del 1.3.