Hola
Lo más recomendable es que con una escobilla metálica limpies bien el piso, hasta eliminar todo el oxido suelto. Debes revisar si al pasar la escobilla con fuerza no se hacen hoyos en la lata, porque de ser así, lo mas recomendable será cambiar la plancha completa del piso; será más durable en el largo plazo que simplemente parchar los pedazos con soldadura o alguna otra cosa.
Como experiencia te cuento que cuando compré mi TLC tenia el piso del copiloto con harto oxido, así es que le pasé un chascón eléctrico para limpiar todo, con la idea de pintar después. El problema fue que estaba tan podrido, que al final quedo como colador

al final tuve que literalmente cortar por lo sano en la lata y soldar un piso nuevo (hacerlo no es tan complicado como pueda parecer...)
Si con escobilla sale el oxido y queda la lata en buen estado, te recomiendo aplicar un convertidor de oxido (en sodimac venden)
saludos